近年来，南安以改善水环境质量为核心，以全面推行河长制为主抓手，以实现“河畅、水清、岸绿、生态”为目标，扎实开展流域水环境保护。监测数据显示，南安全市水环境质量总体稳定。

　　为进一步做好水文章、护好水生态、治好水污染，南安建立了由市级、乡镇级、村级河长和河道专管员组成的“三长一员”组织体系，创新市级流域延伸设立“双河长”，设立河长办公室，各级河长先后深入一线巡河、实地踏勘、现场办公、专题协调等达820多场次。

　　近年来，南安持续强化污染整治，据统计，全市共出动执法人员7785人次，检查企业4532家，立案查处136家；共关闭取缔小铸造、土炼铝（锌、铜）和废塑料厂501家、小石材等“三无”企业823家；关闭拆除禁养区内（含复养、违建）养猪场503家，关闭拆除非禁养区内不改造、改造后仍不能达标排放的养猪场1067家。

　　同时，南安不断强化水质监测，建成晋江东溪康美桥、西溪霞东桥水质自动监测站，目前已规划设置监测点位68个，覆盖到河流乡镇交界断面、干支流交界断面，并包含省级水功能区监测点位、入河排污口及河流污染较严重河流监测点位。

　　监测数据显示：晋江东、西溪流域监测断面水质稳定达到或优于国家《地表水环境质量标准》（GB3838—2002）Ⅲ类标准；九十九溪稳定保持Ⅳ类；大盈溪、兰溪、淘溪、梅溪等小流域实现脱劣；集中式饮用水源地水质达标率100%，一个生态南安、美丽南安、幸福南安正在努力建设中。